药学部是一个集药学服务、科研、教学为一体的综合型专业技术服务部门，下设门诊药房、中药房、住院药房、静脉用药调配中心、药库、临床药学室、药学实验室、药物临床试验机构办公室、I期药物临床试验研究中心等部门，为医院医疗工作提供全面的药品保障和临床药学工作。

药学部现有药学专业技术人员87人，主任药师1名，副主任药师7名，主管药师32人，药师及以下职称共47人。博士1人，研究生10人。拥有临床药师18名，其中专职临床药师10名，覆盖消化内科、心血管内科、儿科、肿瘤科、神经内科、ICU、呼吸内科、感染性疾病科、妇产科等。

药学部牵头申请成为国家药品不良反应监测哨点医院，国家卫健委临床药师培训基地，云南省药学会医共体药学专委会主委单位。牵头成立安宁市医共体临床药学管理中心，安宁市药事管理医疗质量控制中心。

药学实验室开展药物基因监测和血药浓度监测，为药物的个体化、精细化治疗提供参考依据。I期药物临床试验研究中心已开展多个项目，为促进药物临床合理使用，进一步开展药学科研提供支撑。

药学部重视自动化及信息化建设，先后配备了自动包药机、轨道物流配送系统，冷链药品储存系统、麻醉精神药品全流程管理平台等设备。先后引入MCDEX合理用药信息查询系统、临床药学管理系统、PASS药物监测预警系统、中国医院药物警戒系统等。

药学部为昆明医科大学、大理大学、云南中医药大学药学与临床药学专业教学实践基地，每年带教昆明医科大学、大理大学、云南中医药大学、楚雄医药高等专科学校、昆明卫生职业学校、红河卫生职业学院、保山中医药高等专科学校、黔西南民族职业技术学院等学校药学专业实习同学约30名。近5年立项省市级科研项目6项，完成药物临床试验21项，公开发表论文30余篇。组织开展国家级及市级继教项目10余次。